目前，许多国家已经将奶牛基因组选择应用到例行的遗传评估程序中，但在参考群体与反应变量的选择上存在着国家间的差异。本研究对中、法、美三国参考群体预测相同青年公牛的基因组育种值（GEBV）进行了比较，并通过对三个国家参考群体的遗传联系分析，寻找不同参考群体基因组预测差异的原因。

材料与方法

验证群体为同时具有中、法、美三国预测结果的122头法国荷斯坦验证公牛，首先比较三个国家预测的GEBV相关。在三个国家参考群体中，中国参考群体以母牛为主，主要用EBV（estimated breeding value）作为反应变量预测基因组育种值，法国和美国主要是验证公牛组成参考群体，法国以DYD（daughter yield deviation）作为反应变量，美国是DRP（de-regressed proofs）。根据各国参考群体情况，本研究分别选取了267和270头法国、美国荷斯坦公牛及270头中国荷斯坦母牛进行分析。分别用相邻SNP对的连锁不平衡水平（r²）相关和通过分子标记构建的群体间亲缘相关来分析三个国家参考群体间联系。

结果

将最小等位基因频率（MAF）>0.01作为质控标准，共52890个SNP（29条常染色体）用于研究。122头法国验证公牛4个产奶性状分别来自三个参考群体GEBV秩见表1。结果显示，中国的预测结果与法国、美国间存在较大差异，而法美两国的结果保持较高水平的相关。将中国的EBV转化为DRP作为反应变量，其结果趋势亦然。

三个国家参考群体连锁不平衡相关分析表明，中法间的r²相关为0.923，中美为0.949，法美为0.962。KING软件推断的群体间亲缘关系结果表明中国与法美两国间的参考群体存在1级、2级、3级亲缘关系的个体对数较少（级别越低，关系越近，3级以上为没有亲缘关系），均远少于法美两国间的个体对数。

结论

三个国家参考群体的遗传联系与GEBV的相关呈现一致趋势。中国参考群体与法美两国参考群体的遗传联系较低致使各自参考群体预测基因组育种值存在差异。这对我国奶牛遗传评估体系在预测国外牛时提出了要求，适当调整参考群体，并与其它国家间建立遗传交流，以提高基因组预测的准确性。同时也表明，其他国家参考群体预测中国牛也应慎重。